1964 yılında Erzurum’da doğan Şeref Naci Engin lisans derecesini Yıldız Teknik Üniversitesi, Elektrik Mühendisliği Bölümünden 1985 yılında almıştır. 1987 yılında aynı Bölümde Araştırma Görevlisi olmuş, askerlik görevini 1989-1990 yıllarında bir yıl süreyle Milli Savunma Bakanlığı adına MKE Kurumunda Kalite Kontrol Mühendisi olarak tamamlamıştır. Savunma Sanayii Müsteşarlığı (SSB) araştırmacısı olarak 1991-1992 yıllarında İspanya’da Otomatik Uçuş Kontrol Sistemleri alanında bir yıl uygulamalı eğitim almıştır. Doktorasını Hertfordshire Üniv., Makine ve Uçak Müh. Bölümünde 1994-1998 yılları arasında, doktora sonrası araştırmalarını ise Brunel Üniv., Mak., Müh., Sistem Dinamiği ve NN Araştırma Grubu üyesi olarak 1999-2000 yılları arasında İngiltere’de yapmıştır. 2000 yılında Yıldız Teknik Üniversitesi Elektrik Mühendisliği Bölümünde Öğretim Üyesi olarak çalışmaya başlamıştır.

Üniversiteden 2009 yılında ayrılmış ve 2009-2012 yılları arasında TÜBİTAK Marmara Araştırma Merkezi, Enerji Enstitüsü’nde Baş Uzman Araştırmacı olarak görev yapmıştır. 2012-2014 yıllarında Yıldız Teknopark Genel Müdürlüğü ve Teknoloji Transfer Ofisi kurucu yöneticiliğini yapmıştır. 2014 yılında Üniversiteye geri dönmüş ve Yıldız Teknik Üniversitesi, Elektrik-Elektronik Fakültesi, Kontrol ve Otomasyon Mühendisliği Bölümünde Öğretim Üyesi olmuştur. Mayıs 2016’dan beri Bölüm Başkanlığı görevini yürütmektedir.

Sistem modelleme, veri analizi ve kontrol teorisi alanlarında ulusal ve uluslararası yayınları olan Prof. Engin, yurtiçi ve yurtdışındaki önemli projeleriyle ülkemizin başarılı teknoloji ve mühendislik firmalarından YEO Teknoloji Enerji ve Endüstri A.Ş.’nin kurucularındandır. Bir diğer kurucu ortağı olduğu Erik Teknoloji Laboratuvarları Yıldız Teknopark’ta yazılım geliştirme ve danışmanlık firması olarak hizmetlerine devam etmektedir.

Evli ve bir çocuk babasıdır.